En 1801 se inició la construcción de la Basílica de Nuestra Señora del Rosario de Chiquinquirá, que tardó más de 120 años en concluirse, el plano del sacerdote español Domingo Pérez de Pétres de Valencia España siguió el imaginario del santo rosario, similar a las Basílicas marianas del mundo, es decir, con 15 capillas internas que representan las 15 casas del Rosario. Las capillas van pareadas en sus estilos arquitectónicos, destacándose el Corintio, Dórico, Toscano, Jónico antiguo y moderno, entre otros. Chiquinquirá a lo largo del siglo XIX intentó en varias ocasiones independizarse, en 1871 el médico Policarpo María Flórez (padre del Poeta Julio Flórez), se levantó en armas contra el gobierno y fue presidente del estado soberano de Boyacá durante 4 meses.El 1 de Septiembre de 1810, Chiquinquirá proclamó su independencia firmando el acta de la Villa Republicana, donde proclamó su autonomía e independencia del gobierno colonial de Ultramar. En Abril de 1816, la comunidad Dominicana entregó el Tesoro de la Virgen para auspiciar la campaña libertadora de cinco naciones. El 9 de Julio de 1919, la virgen de Chiquinquirá fue coronada en Bogotá como Reina y Patrona de Colombia, uno de los actos más solemnes de la historia del país.